| Meno: | Michal
|
|---|
| Priezvisko: | Petrucha
|
|---|
| Názov: | Data Structures for Whole-Genome Alignments
|
|---|
| Vedúci: | Mgr. Bronislava Brejová, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2012
|
|---|
| Kľúčové slová: | zarovnanie, celogenómové zarovnanie, mapovanie pozícií, mapovanie regiónov, rank, select
|
|---|
| Abstrakt: | V tejto práci navrhujeme dátové štruktúry na uchovávanie zarovnaní genómov viacerých organizmov. Cieľom je efektívne mapovať pozície a regióny z jedného genómu na iný na základe ich evolučných vzťahov. V práci opisujeme niekoľko známych dátových štruktúr, ktoré umožňujú vykonávať operácie rank a select na binárnych reťazcoch a využívame tieto operácie na navrhnutie riešenia nášho problému. Toto riešenie sme taktiež naimplementovali a odmerali jeho efektivitu na skutočných údajoch, pričom sme porovnali viaceré varianty tejto implementácie. V porovnaní s existujúcim nástrojom na mapovanie liftOver naša implementácia mapuje pozície efektívnejšie, ale potrebuje viac času na inicializáciu.
|
|---|