| Meno: | Marcel
|
|---|
| Priezvisko: | Schichman
|
|---|
| Názov: | Zarovnávanie sekvenovacích dát s vysokým počtom chýb
|
|---|
| Vedúci: | Mgr. Vladimír Boža
|
|---|
| Rok: | 2015
|
|---|
| Kľúčové slová: | mapovanie sekvencií, PacBio, dynamické programovanie, heuristiky
|
|---|
| Abstrakt: | Cieľom tejto práce bolo vytvoriť nástroj na mapovanie čítaní sekvenovacieho zariadenia PacBio RS II na referenčný genóm. Tieto čítania sa sa vyznačujú dĺžkou, avšak chybovosť dosahuje až 14%. Výslednú aplikáciu dostupnú na adrese https://github.com/marcelschichman/bakalarka sme porovnávali s oficiánlym nástrojom na tento účel s názvom BLASR. Rýchlosťou náš nástroj niekoľko krát prekonal BLASR, ale bol menej úspešný zarovnávať čítania na genóm ako jeden celok. Príčinou nezarovnaných úsekov bol rozdiel medzi referenčným genómom a genómom živočícha, z ktorého boli získavané čítania.
|
|---|