Meno:Marcel
Priezvisko:Schichman
Názov:Zarovnávanie sekvenovacích dát s vysokým počtom chýb
Vedúci:Mgr. Vladimír Boža
Rok:2015
Kľúčové slová:mapovanie sekvencií, PacBio, dynamické programovanie, heuristiky
Abstrakt:Cieľom tejto práce bolo vytvoriť nástroj na mapovanie čítaní sekvenovacieho zariadenia PacBio RS II na referenčný genóm. Tieto čítania sa sa vyznačujú dĺžkou, avšak chybovosť dosahuje až 14%. Výslednú aplikáciu dostupnú na adrese https://github.com/marcelschichman/bakalarka sme porovnávali s oficiánlym nástrojom na tento účel s názvom BLASR. Rýchlosťou náš nástroj niekoľko krát prekonal BLASR, ale bol menej úspešný zarovnávať čítania na genóm ako jeden celok. Príčinou nezarovnaných úsekov bol rozdiel medzi referenčným genómom a genómom živočícha, z ktorého boli získavané čítania.

Súbory bakalárskej práce:

schichman11433110436353.pdf