| Meno: | Samuel
|
|---|
| Priezvisko: | Molčan
|
|---|
| Názov: | Identifikácia a analýza repetitívnych sekvencií v nanopórových dátach
|
|---|
| Vedúci: | doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2019
|
|---|
| Kľúčové slová: | DNA sekvenovanie, MinION, repetitívna DNA
|
|---|
| Abstrakt: | V tejto práci sa zaoberáme hľadaním tandemových opakovaní v dátach zo sekvenačnej platformy MinION. Hľadanie tandemových opakovaní v postupnosti báz vytvoreného prekladačom báz je kvôli jeho vysokej chybovosti nepresné. V našej práci navrhujeme spôsob, ktorý v signále sekvenátora MinION identifikuje tandemové opakovania bez využitia prekladača báz. Pri testovaní tento algoritmus dosahuje 2.5-násobné zlepšenie v aspoň jednej z vlastností (specificite alebo senzitivite) podľa kvality čítaní a štruktúry príslušného DNA reťazca.
|
|---|