Meno: | Dominik |
---|---|
Priezvisko: | Bujna |
Názov: | Computational analysis of the genome of fungus Jaminaea angkorensis |
Vedúci: | doc. Mgr. Bronislava Brejová, PhD |
Rok: | 2018 |
Kľúčové slová: | skladanie genómu, de novo, Jaminaea angkorensis, Basidiomycota |
Abstrakt: | V tejto práci sa venujeme procesu skladaniu a analýzy genómu - výberu a použitiu existujúcich nástrojov pre skladanie celej doteraz neznámej genetickej sekvencie huby, konkrétne druhu Jaminaea angkorensis. Používali sme dáta z dvoch rôznych sekvenovacích platform - Illumina a Oxford Nanopore a docielili sme vysoko celistvé poskladanie sekvencie s využitím krátkych čítaní na lokálne opravy. Následne sme genóm analyzovali pomocou rôznych softvérových nástrojov, s cieľom anotovať genóm, porovnať s inými príbuznými druhmi a vytvoriť ich fylogenetický strom na základe identifikovaných proteínových sekvencií. Popri analýze tohto genómu sme vytvorili viacero menších nástrojov, ktoré môžu byť použité pri práci na iných podobných projektoch. |
Súbory bakalárskej práce:
Autor nedal súhlas so zverejnením svojej bakalárskej práce.
Súbory prezentácie na obhajobe:
Computational analysis of the genome of fungus Jaminaea angkorensis.pdf |