Meno:Dominik
Priezvisko:Bujna
Názov:Computational analysis of the genome of fungus Jaminaea angkorensis
Vedúci:doc. Mgr. Bronislava Brejová, PhD
Rok:2018
Kľúčové slová:skladanie genómu, de novo, Jaminaea angkorensis, Basidiomycota
Abstrakt:V tejto práci sa venujeme procesu skladaniu a analýzy genómu - výberu a použitiu existujúcich nástrojov pre skladanie celej doteraz neznámej genetickej sekvencie huby, konkrétne druhu Jaminaea angkorensis. Používali sme dáta z dvoch rôznych sekvenovacích platform - Illumina a Oxford Nanopore a docielili sme vysoko celistvé poskladanie sekvencie s využitím krátkych čítaní na lokálne opravy. Následne sme genóm analyzovali pomocou rôznych softvérových nástrojov, s cieľom anotovať genóm, porovnať s inými príbuznými druhmi a vytvoriť ich fylogenetický strom na základe identifikovaných proteínových sekvencií. Popri analýze tohto genómu sme vytvorili viacero menších nástrojov, ktoré môžu byť použité pri práci na iných podobných projektoch.

Súbory bakalárskej práce:
Autor nedal súhlas so zverejnením svojej bakalárskej práce.

Súbory prezentácie na obhajobe:

Computational analysis of the genome of fungus Jaminaea angkorensis.pdf

Upraviť