Meno:Martin
Priezvisko:Bobák
Názov:Identifikácia variantov génov z dát sekvenovania novej generácie
Vedúci:Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
Rok:2013
Blok:INF
Kľúčové slová:sekvenovanie genómov, zostavovanie genómov, celočíselné lineárne programovanie
Abstrakt:V genómoch sa pomerne často vyskytujú varianty toho istého génu, ktoré je v rámci dlhej sekvencie DNA ťažké identifikovať. V práci sa snažíme identifikovať varianty génov z dát sekvenovania novej generácie. Problém najprv formalizujeme ako biologický problém, ktorý následne pretransformujeme na informatický problém. Informatický problém charakterizujeme pomocou teórie grafov. Zo spárovaných segmentov a referenčnej sekvencie génu konštruujeme graf variantov. Tento graf redukujeme pomocou kubického algoritmu na redukovaný graf variantov. Na týchto dvoch grafoch riešime problém hľadania najmenšieho poctu ciest, ktoré popisujú každú hranu. Na to používame celočíselný lineárny program. V závere práce prezentujeme dosiahnuté výsledky na experimentálnych dátach pochádzajúcich z kvasinky Magnusiomyces magnusi.

Súbory diplomovej práce:

bobak_dipl.pdf
Priloha.zip