| Abstrakt: | Hybridné genómy predstavujú výzvu pri skladaní haplotypov organizmov, keďže klasické
nástroje na skladanie buď kópie chromozómov premiešajú do jednej sekvencie, alebo oddelia úplne.
V našej práci pristupujeme ku problému kategorizácie čítaní podľa ich príslušnosti k hybridu ako ku grafovému problému. Na základe špecifických k-tic zostrojíme spojenia medzi čítaniami a následne vytvárame čoraz väčšie komponenty, pričom sa snažíme zachovať nízku mieru medzihybridnej kontaminácie. Naše výsledky na zmiešaných simulovaných čítaniach dvoch kmeňov E.coli baktérie ukazujú, že kategorizácia čítaní diploidného genómu je v princípe možná s vysokou mierou presnosti a malými výpočtovými požiadavkami.
Naše metódy aplikujeme na dosiaľ nepreskúmanú kvasinku Magnusiomyces spicifer a vyhodnotíme ako výsledky, tak aj možný budúci vývoj v oblasti skladania hybridných genómov.
|
|---|