Meno: | Jana
|
---|
Priezvisko: | Černíková
|
---|
Názov: | Algorithms for dynamic assembly of nanopore reads
|
---|
Vedúci: | doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
|
---|
Rok: | 2024
|
---|
Kľúčové slová: | zostavovanie genómov počas sekvenačného behu, nanopórové sekvenovanie, monitorovanie sekvenovania
|
---|
Abstrakt: | Jednou z výhod nanopórového sekvenovania je, že sekvenované čítania sú dostupné v reálnom čase a je možné upravovať parametre sekvenovania počas behu na základe ich priebežnej analýzy. Preskúmali sme možnosti vytvorenia algoritmov ktoré by mohli byť použité na dynamické zostavovanie sekvencií zo sekvenovaných čítaní v reálnom čase a implementovali sme nástroj, ktorý uchováva reprezentatívnu vzorku z čítaní, dynamicky zostavuje čítania počas sekvenačného behu a zobrazuje výsledky z dostupných dát používateľovi v reálnom čase.
|
---|