| Meno: | Veronika
|
|---|
| Priezvisko: | Tordová
|
|---|
| Názov: | Detekcia bakteriálnych plazmidov pomocou grafových neurónových sietí
|
|---|
| Vedúci: | doc. Mgr. Bronislava Brejová, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2024
|
|---|
| Kľúčové slová: | plazmid, grafové neurónové siete, klasifikácia, extremity, homológia, plASgraph2
|
|---|
| Abstrakt: | Plazmidy sú krátke molekuly DNA zodpovedné predovšetkým za šírenie rezistencie voči antibiotikám medzi baktériami. V našej práci sme rozšírili vstupné parametre nástroja plASgraph2, ktorý slúži na detekciu plazmidov v grafoch zostavenia genómu pochádzajúcich zo sekvenovania bakteriálnych izolátov. V prvej časti práce sme pripravili niekoľko možností architektúry programu založených na šírení informácie o tom, ktoré konce DNA sekvencií spolu v grafe zostavenia genómu susedia. V druhej časti sme k parametrom programu pridali vlastnosti založené na podobnosti vstupných sekvencií a proteínových domén. Výsledky oboch prístupov sme vyhodnotili na dátach pochádzajúcich z patogénu E. faecium a skupiny patogénov ESKAPEE. Oba prístupy pomohli zlepšiť výsledky klasifikácie oproti pôvodnej verzii programu, ale prístup založený na homológii priniesol výraznejšie zlepšenie.
|
|---|