** V piatok 16. mája 2003 o 11:00
Tomáš VINAŘ (Univ. Waterloo)
** v miestnosti M-213 na FMFI UK v Mlynskej doline
Bioinformatické hry
ABSTRAKT:
Bioinformatika výrazne ovplyvňuje molekulárnu biológiu a spôsob, akým biológovia analyzujú dáta získané experimentálnymi metódami. Bioinformatické metódy však málokedy zasahujú do samotného procesu získavania týchto dát, aj keď použitie tradičných metód informatiky by často umožnilo vytvoriť rýchlejšie, lacnejšie a kvalitnejšie experimentálne protokoly.
Na tomto seminári predstavíme niekoľko problémov, ktoré voláme spoločným menom "bioinformatické hry". V typickej bioinformatickej hre formulujeme biologický problém ako problém hľadania skrytého kombinatorického objektu s danými vlastnosťami, pričom sa môžeme pýtať jednoduché otázky špecifického tvaru, a na základe získaných odpovedí potom môžeme buď sformulovať ďalšie otázky, alebo nájsť skrytý objekt. Jednoduchým príkladom takéhoto problému je hra "mysli si číslo". Optimalizáciou počtu otázok resp. počtu kôl môžeme znižovať cenu experimentu resp. čas potrebný na jeho realizáciu.
Na tejto práci sa podieľajú Therese Biedl, Broňa Brejová, Erik Demaine, Angele Hamel a Alex Lopez-Ortiz.